De Ichthusgemeente is ontstaan vanuit de voormalige Gereformeerde Kerk van Urk. Al sinds eind tachtiger jaren van de vorige eeuw werden er serieuze gesprekken over vereniging gevoerd tussen de Gereformeerde Kerken in Nederland, de Nederlands Hervormde Kerk en de Evangelisch-Lutherse Kerk in het Koninkrijk der Nederlanden.In 2003 tekende zich het daadwerkelijke ontstaan af van de Protestantse Kerk in Nederland.De Gereformeerde Kerk van Urk was een van de ruim 20 plaatselijke Gereformeerde Kerken in ons land,die grote bezwaren hadden tegen het samensmelten van de drie zogenoemde “samen op weg kerken”. Deze bezwaarde kerken waren vooral te vinden in Gereformeerde Kerken waarvan vele individuele leden lid waren van het Confessioneel Gereformeerd Beraad.In de Nederlands Hervormde Kerk waren ook plaatselijke gemeenten welke zich geheel of gedeeltelijk niet wilden aansluiten bij een gefuseerde kerk.Toen dan ook op 12 december 2003 de Verklaring van Vereniging werd getekend in de Utrechtse Domkerk in aanwezigheid van Hare Majesteit Koningin Beatrix, minister Donner van Justitie en Kardinaal Simonis stond al wel vast dat niet alle plaatselijke kerken mee zouden gaan met het fusieproces.Vooral vanuit de Gereformeerde Bond in de Nederlands Hervormde Kerk scheidden zich hele gemeenten, soms grote delen van gemeenten af. Al gauw volgden juridische procedures over kerkelijke goederen.In de Gereformeerde kerken liep het wat anders. Van de oorspronkelijk ruim 20 plaatselijke kerken in ons land met bezwaren tegen de vereniging bleven er 7 over welke zich verenigden in de Voortgezette Gereformeerde Kerken in Nederland.Op het voormalig eiland Urk was er in de Gereformeerde Kerk van Urk lang gesproken over de bezwaren welke leefden tegen de vereniging van de drie kerken. Al in een vroeg stadium had de gemeente vrijwel unaniem uitgesproken niet te kunnen instemmen met de voorgestelde kerkorde.
Nadat duidelijk werd dat de vereniging toch doorgang zou vinden besloot de kerkenraad zich een jaar te bezinnen op de vraag of men mee moest gaan met de vereniging en deze bezinning buiten het nieuwe kerkverband plaats te laten vinden. Later werd dit besluit door de kerkenraad herroepen en werd besloten om het jaar van bezinning binnen het nieuwe kerkverband door te brengen. In dat jaar functioneerde een commissie die de opdracht had vast te stellen welk kerkverband het beste zou passen bij de gemeente als de gemeente besloot om niet mee te gaan met de gefuseerde (voormalig Gereformeerde) Kerken in Nederland. Deze commissie kwam tot de conclusie dat in dat geval de voormalige Gereformeerde Kerk van Urk zich het beste zou kunnen aansluiten bij de Christelijke Gereformeerde Kerken van Nederland. Dit kerkverband kwam het dichtst bij de voormalige Gereformeerde Kerken in Nederland.
Aan het eind van het bezinningsjaar, dat roerig verliep, werd de gemeenteleden gevraagd of ze zich wilden aansluiten bij de Protestantse Kerk in Nederland.Ongeveer 640 belijdende leden gaven aan zich niet aan te willen sluiten bij de Protestantse Kerk in Nederland.Deze ongeveer 20 % van alle belijdende leden kwamen de volgende zondag 6 februari 2005 bij elkaar in de Ichthushof toen nog Koningshof geheten. ‘s Ochtends was er nog geen dominee, maar ’s middags ging voor Ds. J. Westerink van Utrecht- West.Op woensdag 9 februari , biddag voor de visserij, ging Ds. W.N. Middelkoop van Rijnsburg voor. Zijn prediking handelde over Ezechiël 34. Het gedeelte waar de profeet spreekt over het volk Israël, dat was als een kudde schapen zonder herder.
Afwisselend werd er gepreekt door dominees uit de Nederlands Gereformeerde Kerken en de Christelijke Gereformeerde Kerken. Toch voelden allen wel dat men als groep niet kon blijven zweven en zich aan moest sluiten bij een kerkverband.Adviezen werden ingewonnen van o.a. Ds. Speelman ( welke later ook de Gereformeerde Kerken in Nederland verliet en zich als predikant aansloot bij de Gereformeerde Kerken vrijgemaakt) en Ds. J. Westerink van Utrecht- West, welke als eerste predikant van de huidige Maranatha gemeente veel gezag en bekendheid had verworven.
In maart 2005 werd een gemeentevergadering gehouden waarin op één stem na alle aanwezige gemeenteleden besloten zich aan te sluiten bij de Christelijke Gereformeerde Kerken. Op zondag 8 mei werd de gemeente door Ds. J. Westerink,toen inmiddels aan Urk-Maranatha verbonden, in de Maranatha kerk geïnstitueerd.